Skælskør-Eggeslevmagle har en række udvalg:

Kirke- og kirkegårdsudvalget, som står for de to kirkegårde i pastoratet og kirkebygningerne og andre bygninger (graverfaciliteter og kapeller).

Præstegårdsudvalget, som står for præsteboligerne i pastoratet og forpagtergården i Eggeslevmagle.

Derudover har menighedsrådet nedsat andre udvalg:

Forretningsudvalget, som primært står for dagsorden og økonomi.

Aktivitetsudvalget, som står for alle aktiviteter som ikke hører under sognepræsterne eller menighedsplejen. Her er kun 3 af medlemmerne med i menighedsrådet. Resten hentes uden for menighedsrådets midte.

Menighedsplejen, som står for det diakonale i pastoratet, indsamlinger til menighedspleje, samt en del arrangementer som støtter op om menighederne.

PR-udvalget som står for politikkerne omkring annoncering og synliggørelse af kirkerne.

Desuden er der valgt en valgbestyrelse, som står for orientering og afvikling af menighedsrådvalg i valgår.