Skælskør-Eggeslevmagle har nedsat 3 stående udvalg:

Kirkegårdsudvalget, som står for de to kirkegårde i pastoratet.

Kirkeudvalget, som står for kirkebygningerne og andre bygninger (graverfaciliteter og kapeller).

Præstegårdsudvalget, som står for præsteboligerne i pastoratet og forpagtergården i Eggeslevmagle.

Derudover har menighedsrådet nedsat andre udvalg:

Forretningsudvalget, som primært står for dagsorden og økonomi.

Aktivitetsudvalget, som står for alle aktiviteter som ikke hører under sognepræsterne eller menighedsplejen. Her er kun 3 af medlemmerne med i menighedsrådet. Resten hentes uden for menighedsrådets midte.

Menighedsplejen, som står for det diakonale i pastoratet, indsamlinger til menighedspleje, samt en del arrangementer som støtter op om menighederne.

Børn- og ungeudvalg, som endnu er ny, men som står for al hvad der skal have med børn og unge at gøre.

Desuden er der valgt en valgbestyrelse, som står for orientering og afvikling af menighedsrådvalg i valgår.